В настоящее время федеральный антимонопольный орган Российской Федерации - это Федеральная антимонопольная служба РФ.

Чтобы понять, почему именно этот орган, рассмотрим несколько шагов:

1. Исторический контекст: В России антимонопольное регулирование начало развиваться в 1990-х годах. Сначала существовали разные структуры, отвечающие за антимонопольную политику.
2. Создание службы: В 2004 году была создана Федеральная антимонопольная служба (ФАС),которая объединила функции контроля за соблюдением антимонопольного законодательства.
3. Функции ФАС: ФАС отвечает за борьбу с монополиями, защиту конкуренции и контроль за экономической деятельностью, включая расследование антиконкурентных практик.
4. Современное название: В отличие от упомянутых вами Министерства по антимонопольной политике РФ и Государственного антимонопольного комитета РФ, которые были предыдущими структурами, ФАС является действующим органом, имеющим полномочия и ответственность в данной сфере.

Таким образом, правильный ответ - Федеральная антимонопольная служба РФ, так как именно она в настоящее время осуществляет антимонопольное регулирование в стране.