Чтобы ответить на ваш вопрос, давайте рассмотрим каждую из предложенных категорий и проанализируем, какое количество в 16 веке в России было меньше 100.

1. Церкви внутри Московского Кремля:

   В 16 веке в Московском Кремле действительно было много церквей, но их количество превышало 100. Например, к этому времени уже было построено множество значительных храмов, таких как Успенский собор и Архангельский собор.

2. Независимые княжества:

   В 16 веке на территории России существовало несколько независимых княжеств, но после объединения земель под властью Московского княжества их количество также было меньше 100. Однако, если учитывать все мелкие княжества, то их количество могло быть больше.

3. Дворянские роды:

   В 16 веке количество дворянских родов в России действительно было меньше 100. Дворянство формировалось постепенно, и к этому времени можно выделить несколько крупных родов, таких как Рюриковичи и Голицыны.

4. Приказы в системе управления:

   В 16 веке в России действительно существовало множество приказов, но их количество также превышало 100. Приказы были важной частью административной системы, и к этому времени их число значительно возросло.

Таким образом, из всех предложенных вариантов, дворянские роды - это категория, количество которой в 16 веке в России было меньше 100.