Чтобы определить падеж прилагательного в предложении «В окнах сельской церкви огоньки мигают», давайте разберёмся поэтапно.

1. Найдем прилагательное: В данном предложении прилагательное — это слово «сельской», которое описывает существительное «церкви».
2. Определим существительное: Существительное «церкви» стоит в родительном падеже, так как отвечает на вопрос «чей?». Мы можем задать вопрос: «Церкви какой?» — на что получаем ответ «сельской».
3. Определим падеж прилагательного: Прилагательное согласуется с существительным в падеже, числе и роде. Поскольку «церкви» — это существительное женского рода в родительном падеже, то и прилагательное «сельской» также находится в родительном падеже.

Таким образом, прилагательное «сельской» в предложении «В окнах сельской церкви огоньки мигают» стоит в родительном падеже.