Чтобы определить, какие цифры обозначают запятые между частями сложноподчинённого предложения в данном тексте, давайте внимательно проанализируем каждую часть предложения и запятые, которые в нём стоят.

Сложноподчинённое предложение состоит из главной и зависимой части. Запятая ставится, чтобы отделить главную часть от придаточной.

1. Первое предложение: "Акакия Акакиевича заставили выпить два бокала, (1) после которых он почувствовал..."
2. Здесь запятая (1) отделяет главное предложение от придаточного, поэтому это правильная запятая.
3. Второе предложение: "...после которых он почувствовал, (2) что в комнате сделалось веселее..."
4. Запятая (2) отделяет придаточную часть "что в комнате сделалось веселее" от основной части "после которых он почувствовал". Это также правильная запятая.
5. Третье предложение: "...что в комнате сделалось веселее, (3) однако ж никак не мог позабыть..."
6. Запятая (3) здесь не отделяет части сложноподчинённого предложения, а служит для разделения двух самостоятельных частей. Это не запятая между частями сложноподчинённого предложения.
7. Четвёртое предложение: "...никак не мог позабыть, (4) что уже двенадцать часов..."
8. Запятая (4) отделяет основное предложение "никак не мог позабыть" от придаточного "что уже двенадцать часов". Это правильная запятая.
9. Пятое предложение: "...что уже двенадцать часов (5) и что давно пора домой."
10. Запятая (5) не отделяет части сложноподчинённого предложения, а соединяет два однородных члена. Это не запятая между частями сложноподчинённого предложения.

Теперь подведем итоги:

• Правильные запятые, которые отделяют части сложноподчинённого предложения, это: (1) и (2), (4).

Таким образом, правильный ответ: 1, 2, 4.