Давайте разберем данное предложение и определим правила постановки знаков препинания в нем.

Предложение состоит из нескольких частей, и для правильной расстановки знаков препинания необходимо учитывать несколько факторов, таких как наличие вводных слов, сложносочиненных и сложноподчиненных конструкций.

1. Запятая перед "и" в сложносочиненном предложении: В данном случае у нас есть несколько частей, соединенных союзом "и". Запятая перед "и" не ставится, если части предложения имеют общий член или если они не являются самостоятельными предложениями. В нашем случае "ты была всегда возле меня" и "ночник горел в комнате" являются самостоятельными частями, и запятая перед "и" не нужна.
2. Запятая перед "когда" в сложноподчиненном предложении: Слово "когда" вводит придаточную часть, которая зависит от главной. В данном случае "когда бы я ни открыл глаза" является придаточным предложением, и запятая перед ним ставится. Мы ставим запятую, чтобы отделить придаточную часть от главной.
3. Запятая перед "будто": Слово "будто" используется для введения сравнения и также требует запятой. Оно отделяет сравнительный оборот "будто из тьмы" от остальной части предложения. Поэтому перед "будто" ставится запятая.

Таким образом, правильная пунктуация в предложении будет следующей:

И когда бы я ни открыл глаза, ты была всегда возле меня, и ночник горел в комнате, и ты глядела на меня своими запавшими очами, будто из тьмы.

Итак, в этом предложении мы ставим запятую перед "когда", а также перед "будто". В итоге, запятые в предложении расставлены правильно.