Для того чтобы определить, в каких предложениях устаревшие слова используются в значениях, не характерных для них, нам нужно сначала разобраться с каждым из предложений и выделить устаревшие слова.

1. Василий пил мед из медной ендовы.
   • Слово "ендова" действительно является устаревшим и обозначает "углубление" или "крышу", с которой стекает вода. В данном предложении оно используется в значении, которое не является привычным на современном русском языке, так как "ендова" обычно не ассоциируется с медом.
2. Иван запряг кобылу в зипун и поехал в город.
   • Слово "zipun" – это устаревшее слово, обозначающее "покрытие" или "попона" для лошади. В данном контексте оно используется правильно, так как "зипун" относится к тому, как запрягают лошадь.
3. Федот купил на базаре три алтына шёлку.
   • Слово "алтын" – это устаревшее слово, обозначающее "золотая монета". В данном предложении оно также используется в правильном значении, так как "алтын" относится к деньгам.

Таким образом, в первом предложении слово "ендова" используется в значении, не характерном для него, тогда как во втором и третьем предложениях устаревшие слова используются правильно.

Ответ: Устаревшее слово в первом предложении "ендова" используется не в характерном для него значении.