Давайте разберем предложенный текст и расставим знаки препинания, а также укажем номера, на месте которых должны стоять запятые.

Исходный текст:

Преосвященный посидел немного в гостиной (1) раздумывая (2) и как бы не веря (3) что уже так поздно. Руки (4) и ноги у него поламывало (5) болел затылок. Было жарко (6) и неудобно. Отдохнув (7) он пошёл к себе в спальню (8) и здесь тоже посидел (9) всё думая о матери. (А. П. Чехов)

Теперь давайте разберем каждое место, где необходимо поставить запятую:

1. (1) Запятая не нужна, так как это простое предложение.
2. (2) Запятая нужна, так как здесь стоит деепричастный оборот: "посидел немного в гостиной, раздумывая".
3. (3) Запятая нужна перед "что", так как это вводное словосочетание: "и как бы не веря, что уже так поздно".
4. (4) Запятая не нужна, так как "Руки и ноги" - это однородные члены предложения.
5. (5) Запятая нужна, чтобы отделить части сложносочиненного предложения: "Руки и ноги у него поламывало, болел затылок".
6. (6) Запятая не нужна, так как это простое предложение.
7. (7) Запятая нужна, так как здесь стоит деепричастный оборот: "Отдохнув, он пошёл к себе в спальню".
8. (8) Запятая не нужна, так как это простое предложение.
9. (9) Запятая нужна перед "всё", так как это вводное слово: "и здесь тоже посидел, всё думая о матери".

Итак, запятые должны стоять на следующих местах:

• 2
• 3
• 5
• 7
• 9

Таким образом, правильный вариант текста будет выглядеть так:

Преосвященный посидел немного в гостиной, раздумывая, и как бы не веря, что уже так поздно. Руки и ноги у него поламывало, болел затылок. Было жарко и неудобно. Отдохнув, он пошёл к себе в спальню и здесь тоже посидел, всё думая о матери. (А. П. Чехов)