В данном предложении необходимо правильно расставить запятые, чтобы оно соответствовало правилам русского языка. Давайте разберем его по частям.

1. Выделение вводного слова. В предложении "Он конечно же подумал, что вы кого-то ждёте" слово "конечно же" является вводным. Вводные слова обособляются запятыми с обеих сторон.
2. Обособление придаточной части. Часть "что вы кого-то ждёте" является придаточным предложением, которое также требует обособления от главного предложения. Здесь запятая ставится перед "что".

Таким образом, правильный вариант с запятыми будет выглядеть так:

Он, конечно же, подумал, что вы кого-то ждёте.

Итак, запятые ставятся:

• После "Он" - обособляем вводное слово "конечно же".
• Перед "что" - обособляем придаточное предложение.

Надеюсь, это поможет вам лучше понять, как правильно расставлять запятые в подобных предложениях!