Грамматическая основа предложения — это главные члены предложения, которые состоят из подлежащего и сказуемого. В данном предложении нам нужно определить, какие слова являются подлежащим и сказуемым.

1. Определяем подлежащее: Подлежащее отвечает на вопрос "Кто?" или "Что?" и обозначает предмет, о котором говорится в предложении. В предложении "В лесу было холодно и пахло прелым листом" нет явного подлежащего, выраженного существительным или местоимением. Это значит, что перед нами безличное предложение, где подлежащее отсутствует.
2. Определяем сказуемое: Сказуемое отвечает на вопрос "Что делает?" или "Что с ним?" и обозначает действие или состояние подлежащего. В нашем предложении сказуемое выражено двумя частями: "было холодно" и "пахло прелым листом".

Таким образом, грамматическая основа в этом предложении состоит из двух сказуемых: "было холодно" и "пахло прелым листом".